雜志的級別劃分是一個相對復雜的過程，涉及多個方面的因素，對于《植物生理與分子生物學學報》雜志來說，其級別劃分主要基于其在期刊行業內的認可度、學術影響力以及收錄和榮譽情況等因素。
級別劃分依據主要基于以下幾個方面：
主管與主辦單位
《植物生理與分子生物學學報》雜志中國科學院主管，中國科學院上海生命科學研究院;植物生理生態研究所;中國植物生理學會主辦，根據期刊級別劃分的標準，部級期刊由國家部委、全國性學會、協會、研究機構等主辦，具有全國影響力。而省級期刊則由各省、自治區、直轄市及其下屬部門、學會、協會、高等院校等主辦，包括本科院校和?？圃盒５膶W報。
收錄與榮譽
收錄情況：該雜志被多個知名數據庫和圖書館收錄，如知網收錄(中)、維普收錄(中)、萬方收錄(中)、CA 化學文摘(美)、國家圖書館館藏、上海圖書館館藏等。這些數據庫的收錄標準通常較高，能夠反映出《植物生理與分子生物學學報》雜志的學術質量和影響力。
榮譽資質：該雜志榮獲了中科雙效期刊等榮譽。這些榮譽資質的獲得，進一步證明了期刊的學術水平和影響力。
學術影響力
總發文量與被總被引量：總被引量：8388，總發文量與被總被引量是衡量其學術影響力的重要指標。
期刊欄目設置
欄目設置：《植物生理與分子生物學學報》雜志涵蓋了研究報告、研究簡報、研究快報、專題綜述、進展評介、經歷與經驗、記憶與懷念、實驗技術、基因序列、讀者·作者·編者和信息與交流等多個欄目，內容新穎、信息量大、時效性強，能夠滿足不同領域學者的需求。
投稿咨詢綜上所述，該雜志的級別劃分依據主要基于其主管與主辦單位的學術地位、收錄與榮譽情況、學術影響力以及期刊內容與欄目設置等多個方面。
這些因素共同構成了雜志級別劃分的重要依據，也體現了《植物生理與分子生物學學報》雜志作為一本具有較高學術水平和影響力的部級期刊的地位。
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